Hoppa yfir í aðalefni

Conda, Python, R & Go

Athugið

Það er mikilvægt að setja samann alla pakka á innskráningarhnúti áður en umhverfið er sett upp á reiknihnúta

Conda​

[..]$ module use /hpcapps/lib-tools/modules/all # if ekki er núþegar hlaðið inn
[..]$ module load Anaconda3/2023.09-0
Athugið

Eldri útgáfur af Anaconda3 (2021.11 og 2022.05) eru en í boði. Það er mælt með að skipta yfir í nýrr útgáfu sem allra fyrst. Það verður fjarlægt í Maí 2023.

Uppsetning í fyrsta skipti​

[..]$ conda config --add channels defaults
[..]$ conda config --add channels bioconda
[..]$ conda config --add channels conda-forge
[..]$ conda init

Skráðu þig út og aftur inn á Elju. Conda umhverfið þitt er nú tilbúið.

Búðu til umhverfi (og settu upp pakka):

Til dæmis:

[..]$ conda create -y -p /hpcdata/Mimir/<uname>/env_mimir bowtie2

Þetta mun búa til umhverfi sem kallast "env_mimir" og setja upp bowie2 (og háða pakka). Allar tvíundaskrár fara í /hpcdata/Mimir/uname/env_mimir

Þegar uppsetningin er búin getur þú virkjað umhverfið þitt:

[..]$ conda activate /hpcdata/Mimir/<uname>/env_mimir

Þetta umhverfi inniheldur bowtie2:

(../<uname>/env_mimir) [..]$ bowtie2 --version
/hpcdata/Mimir/<uname>/env_mimir/bin/bowtie2-align-s version 2.4.5

Þú getur sett upp aðra pakka í þetta umhverfi:

(../<uname>/env_mimir) [..]$ conda install -c bioconda macs2

Eftir uppsetninguna mun umhverfið innihalda macs2 ásamt bowtie2:

(../<uname>/env_mimir) [..]$ macs2 --version
macs2 2.2.7.1

Til að fara úr umhverfinu slærðu inn:

(../<uname>/env_mimir) [..]$ conda deactivate

þú getur alltaf byrjað á nýju umhverfi og sett upp aðra pakka ínn í það t.d.:

[..]$ conda create -y -p /hpcdata/Mimir/<uname>/env_mimir2
[..]$ conda activate /hpcdata/Mimir/<uname>/env_mimir2
(../<uname>/env_mimir2) [..]$ conda install -c bioconda trim-galore
(../<uname>/env_mimir2) [..]$ trim_galore --version

                        Quality-/Adapter-/RRBS-/Speciality-Trimming
                                [powered by Cutadapt]
                                  version 0.6.7

                               Last update: 11 05 2020

Þetta gerir þér kleift að aðskilja umhverfin eftir mismunandi verkefnum.

Ef þú ert ekki áð nota ákveðið umhverfi þá byðjum við þig vinsamlegast um að fjarlægja það svona:

[..]$ conda env remove --name env_name

Þetta fjarlægir allara uppsettar tvíundarskrár, og býr til pláss fyrir aðra notendur.

Fara yfir í aðra Conda útgáfu.​

Conda frumstillingin skrifar lítinn kóðabút inn í .basrhc þinn sem lítur svona út

# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/hpcapps/lib-mimir/software/Anaconda3/2021.11/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/hpcapps/lib-mimir/software/Anaconda3/2021.11/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/hpcapps/lib-mimir/software/Anaconda3/2021.11/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/hpcapps/lib-mimir/software/Anaconda3/2021.11/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<

Til að skipta yfir í nýju útgáfuna Anaconda3/2023.09-0 skaltu einfaldlega breyta þessum línum í .bashrc skránni þinni:

else
    if [ -f "/hpcapps/lib-edda/easybuild/software/Anaconda3/2023.09-0/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/hpcapps/lib-edda/easybuild/software/Anaconda3/2023.09-0/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/hpcapps/lib-edda/easybuild/software/Anaconda3/2032.09-0/bin:$PATH"
    fi
fi

Núna skaltu skrá þig út og skrá þig inn aftur til að virkja breytingarnar.

Python​

Sérhæfð útgáfa af Python - Biopython - er fáanleg til notkunar á Elju. Grunnútgáfan af Python er 3.9.6. Það inniheldur pip 21.2.2.

[..]$ module load Biopython
[..]$ python --version
Python 3.9.6
[..]$ $ pip --version
pip 21.2.2

Til þess að setjua upp þína eigin Python pakka með pip þá þarftu að nota flaggið --user svo pakkarnir verði settir upp á þínu heimasvæði, til dæmis:

[..]$ pip install --user alfpy

Python pakkinn alfpy var nú settur upp, og er staðsettur í /users/home/uname/.local/lib/pytho3.9/site-packages/:

[..]$ python
>>> import alfpy
>>> print(alfpy.__version__)
1.0.6

R​

Athugið

Mimir notendur! Það er mælt með að notendur búi til skrá sem heitir "./local/R/library" í /hpcdata/Mimir/uname skránni sinni.

[..]$ mkdir -p /hpcdata/Mimir/<uname>/.local/R/library

Notið þessa skrá til ád setja upp viðbótar R pakka með CRAN. Fyrir R pakka setta upp með útgáfu tvíundaskrám (.tar.gz skrár til dæmis), er búinn til önnur skrá:

[..]$ mkdir -p /hpcdata/Mimir/<uname>/.local/R_libs

Til þess að nota þessa skrá er einnig mælt með að búa til litla bash skriftu (til dæmis .bashrc_R) sem inniheldur þessar línur:

[..]$ cat >> ~/.bashrc_R << EOF
# add these lines after '>' one-by-one:
> module load R
> if [ -n $R_LIBS ]; then
>   export R_LIBS=/hpcdata/Mimir/$USER/.local/R/library:/hpcdata/Mimir/$USER/.local/R_libs$R_LIBS
> else 
>   export R_LIBS=/hpcdata/Mimir/$USER/.local/R/library:/hpcdata/Mimir/$USER/.local/R_libs
> fi
> EOF

Þegar þessi bash skrifta er virkjuð hleður hún inn R einingunum og bætir staðbundinni skrá þinni í R-library listann.

[..]$ R --version
R version 4.1.2 (2021-11-01) -- "Bird Hippie"
Copyright (C) 2021 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
[..]$ R
> .libPaths()
[1] "/hpcdata/Mimir/<uname>/.local/R/library"
[2] "/hpcdata/Mimir/<uname>/.local/R_libs"
[3] "/hpcapps/lib-mimir/software/R/4.1.2-foss-2021b/lib64/R/library"

Uppröðun skráarsafns leiðanna er mikilvæg, þar sem það mun first leita í staðbundnum skráarsöfnunum þínum þegar R pakka er hlaðið inn.

Til þess að setja upp pakka í gegnum CRAN í þetta safn sláðu þá inn, sem dæmi:

> install.packages("vioplot", repos="http://cran.r-project.org", lib="/hpcdata/Mimir/<uname>/.local/R/library")

Til að hlaða inn pakka slærðu inn:

> library("vioplot")

Til að setja upp R pakka úr upprunaskrá (útgáfu tvíundarskrám), sækjum við fyrst pakkann. Til dæmis:

[..]$ wget http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/ggplot2_2.0.0.tar.gz

Keyrðu skipunina hér að neðan til að setja upp pakkann í "R_libs" möppuna þína. Ef við tilgreinum ekki slóðina mun uppsetning mistakast þar sem sjálfgefi reynir R að setja pakkan upp í rótarskránni sem þú hefur ekki skrifréttindi í.

[..]$ R CMD INSTALL --library=/hpcdata/Mimir/<uname>/.local/R_libs ggplot2_2.0.0.tar.gz

Opnaðu R stjórnborðið og hlaðið pakkanum með eftirfarandi skipun:

> library("ggplot2")

Go​

Hlaða inn Go​

Núverandi útgáfa af Go á Elju er 1.20.2. Til að hlaða inn Go einingunni þarftu einfaldlega að slá in eftirfarandi:

[..] $ ml load Go

Uppsetning á Go-vinnusvæði​

Búðu til möppuuna 'goWorkspace' á heimasvæðinu þínu

[..] $ mkdir goWorkspace

Til þess að geta keyrt Go verkefnin þín þarftu að tilgreina þitt eigið GOPATH fyrir vinnsvæðið þitt

[..] $ export GOPATH=/users/home/$USER/goWorkspace/

Í 'goWorkspace' möppuni þinni býrðu til þrjár möppur 'bin', 'src' og 'pkg'

[..] $ cd goWorkspace
[..] $ mkdir bin src pkg

Nú er Go-vinnusvæðið þitt tilbúið í notkun!

Fyrsta Go forritið þitt​

Go verkefnin þín ættu að vera staðsett í src möppuni. Byrjum á að búa til Go einingu í src nefnda 'myProject'

[..] $ cd src/
[..] $ mkdir myProject 
[..] $ cd myProject 
[..] $ go mod init myProject

go.mod skrá verður búin til fyrir eininguna. go.mod mun virka sem ávanastjórnunartæki fyrir Go verkefnið þitt

farðu og fáðu (go get)​

[..] $ go get $package_name

go get halar niður og setur upp pakka og allar þeirra þarfir frá ytri geymslu. Pakkarnir sem hlaðið er niður eru geymdir í pkg og src möppum vinnusvæðisins.

Til að sækja möppur af github þarftu að slökkva á GO111MODULE. Þetta er hægt með eftirfarandi skipun:

[..] $ export GO111MODULE="off"

Til þess að láta Go leita af go.mod skrá í núverandi möppu, eða undirmöppum, þarftu að hafa kveikt á GO111MODULE:

[..] $ export GO111MODULE="on"

Einnig er hægt að hafa GO111MODULE="auto". Þetta lætur Go virkja Go einingar sjálfvirkt ef að go.mod skrá er finnst í núverandi, eða ytri, möppum.

[..] $ export GO111MODULE="auto"

go install​

[..] $ go install $package_name

Með því að nota go install býrðu til tvíundarskrá í bin og pakka sem staðsettur er í pkg/mod/