Hoppa yfir í aðalefni

Söfn

Elja er með .lua byggt kerfi sem heitir LMOD. Það hjálpar við að breyta umhverfi notenda út frá því hvaða .lua módúlskrá notandinn hleður inn. Kerfið gerir það með því að breyta PATH umhverfisbreytunum, og öðrum, til að gera notandanum það kleift að keyra sérstakan hugbúnað eða veita honum aðgang að öðru safnartréi.

Eins og er samanstendur Elja safnið af mörgum söfnum, þau eru:

  • lib-edda: aðalkjarnasafnið sem hin söfnin kalla til að hlaða tiltekinni módúlskrá sem er ekki staðsett í hinum söfnunum.
  • lib-tools: Inniheldur módúlskrár sem hlaða þýðendum, forritunarmálum og öðrum svipuðum verkfærum sem hægt er að nota til að setja saman og kóða.
  • lib-chem:safn sem samanstendur af módúlaskrám sem hlaða inn hugbúnaði sem tengist efnafræðivísindum
  • lib-bio: bókasafn sem samanstendur af módúlskrám sem hlaðast tengdar líffræðivísindum
  • lib-geo: bókasafn sem samanstendur af módúlskrám sem hlaða hugbúnaði sem tengist jarðvísindum
  • lib-engine: bókasafn sem samanstendur af módúlskrám sem hlaða inn hugbúnaði sem tengist verkfræðavísindum

Hver módúlskrá í safninu er gefið sama heiti og hugbúnaðurinn sem módúlskráin býr til umhverfi fyrir.

Hægt er að finna út hvaða helstu módúlskrár eru aðgengilegar í hverju safni fyrir sig í kafla software á wiki síðunni okkar.

Velja Söfn​

**Áður en safn er hlaðið inn þá þarf að hlaða fyrirfram safnið lib-edda/Core *** vegna þess að allar módúlskrár í öllum söfnum notast við módúlskrár frá þessu safni. Til þess að velja lib-edda/Core þá þarf að skrifa inn eftirfarandi skipun:

$  ml use /hpcapps/lib-edda/modules/all/Core/

Til þess að hlaða önnur söfn þá þarftu einnig að nota skipunina ````ml use, til dæmis ef við viljum nota safnið lib-tools``` þá skrifum við í skipunarlínuna:

$ ml use /hpcapps/lib-tools/modules/all

eftir að safnið hefur verið hlaðið inn þá er hægt að sjá alla módúlskrár sem eru aðgengilegar sem safnið hefur upp á að bjóða. Til þess að sjá allar aðgengilegar módúlskrar þá er hægt að skrifa í skipunarlínuna ml avail eins og svona:

$ ml avail

----------------------------- /hpcapps/lib-tools/modules/all -----------------------------
   Anaconda3/2023.09-0              ParaView/5.11.2-OpenMPI-4.1.5
   Autotools/20220317               Perl/5.36.1
   BLIS/0.9.0                       Py3k/v
   CMake/3.26.3                     Python/3.11.3
   FFTW/3.3.10                      R/4.3.2-gfbf-2023a
   FlexiBLAS/3.3.1                  RSTUDIO/v2023.09
   GCC/12.3.0                       SQLite/3.42.0
   GCCcore/11.2.0                   UnZip/6.0
   GCCcore/12.3.0                   cURL/8.0.1
   GCCcore/13.2.0            (D)    f5c/1.4-OpenMPI-4.1.5
   HDFView/3.3.1                    foss/2023a
   Java/11.0.20                     gompi/2023a
   Lobster/5.0.0                    matplotlib/3.7.2-python-3.11.3
   OpenBLAS/0.3.23                  ncurses/6.4
   OpenFOAM/10-OpenMPI-4.1.5        tqdm/4.66.1-python-3.11.3
   OpenMPI/4.1.5                    zlib/1.2.13

Eins og má sjá þá eru módúlskrárnar nefndar eftir húgbúnaðinum sem módúlskráin hleður umhverfið fyrir. Í næsta kafla þá verður farið í hvernig er hægt að hlaða inn módúlskrár.

Hlaða inn módúlskrá​

Næstu skref er að hlaða ákveðna módúlskrá eftir að hlaða upp safni t.d. eins og var gert í kaflanum Selecting Libraries. Í lib-tools safninu er hægt að sjá að það býður upp á módúlskránna Python/3.11.3. Til þess að hlaða inn módúlskránna þá þarf einfaldlega að skrifa inn ml load <nafn á módúlskránni>, í þessu tilfelli Python, þ.a. til þess að hlaða inn Python módúlskránna þá þarf að skrifa eftirfarandi skipun:

$ ml load Python

Hinsvegar! Ef það eru tvær módúlskrár með sama heiti, t.d. Python, en hafa mismunandi útgáfunúmer eins og Python/3.11.3 og ````Python/3.9.3``` þá þarf bæta við útgáfunúmerinu eins og:

$ ml load Python/3.11.3

Til þess að fá það staðfest að það tókst að hlaða inn módúlskránni Python þá er hægt að fá það staðfest með því að skrifa inn í skipunarlínuna ml list sem birtir allar módúlskrár sem hafa verið hlaðnar inn sem módúlskráin Python þarf á að halda.

$ ml list

Currently Loaded Modules:
  1) GCCcore/.12.3.0 (H)   5) libreadline/.8.2 (H)   9) libffi/.3.4.4 (H)
  2) bzip2/.1.0.8    (H)   6) Tcl/.8.6.13      (H)  10) OpenSSL/.1.1  (H)
  3) zlib/.1.2.13    (H)   7) SQLite/.3.42.0   (H)  11) Python/3.11.3
  4) ncurses/.6.4    (H)   8) XZ/.5.4.2        (H)

Samantekt​

The steps in the previous chapter can be summarized into these steps:

Skrefin í köflunum hér að ofan er hægt að skipta niður í þrjú skref

ml use /hpcapps/lib-edda/modules/all/Core # Important to load this beforehand
ml use /hpcapps/lib-tools/modules/all     # Library containing the Python modulefile
ml load Python                            # load the Python modulefile to use Pytohn in your environment

Nota önnur söfn​

Til þess að hlaða önnur aðgengileg sögn sem voru nefnd í Söfn kaflanum er hægt að skrifa í skipunarlínuna útfrá hvaða safn þú villt velja:

  • lib-tools:

    $ ml use /hpcapps/lib-tools/modules/all

  • lib-chem:

    $ ml use /hpcapps/lib-chem/modules/all

  • lib-bio:

    $ ml use /hpcapps/lib-bio/modules/all

  • lib-geo:

    $ ml use /hpcapps/lib-geo/modules/all

  • lib-engine:

    $ ml use /hpcapps/lib-engine/modules/all