Hoppa yfir í aðalefni

Hugbúnaðarsafnið á Elju

Nýtt hugbúnaðarsafn hefur verið bætt við á HPC kerfið. Þetta hugbúnaðarsafn er kallað lib-edda. Meginástæðan fyrir því að hugbúnaðarsafnið var sett upp var til þess að minnka og endurbirtingu á hugbúnaði til notendur. Í eldri hugbúnaðarsafninu áttu sér tilstaðar fleiri en ein útgáfa af sama pakkanum með sama útgáfunúmeri sem notandi hefði ekki einusinni þurft á að halda. Þetta nýja hugbúnaðarsafn stefnir á að koma í vegfyrir, eða allaveganna minnka, að slík tilfelli eiga sér tilstaðar.

Uppsetning á hugbúnaðarsafninu

Rótar safnið | lib-edda​

Til að byrja með erum við með rótar hugbúnaðarsafnið lib-edda. Þetta rótarsafn er notað til þess að hýsa allan hugbúnað fyrir módúlskrár, frá öðrum söfnum, til þess hlaða inn. Þetta safn ætti núþegar að vera hlaðið inn þegar notandi skráir sig inn í HPC þyrpinguna og til þess að athuga hvort að það standist þá er hægt að skrifa eftirfarandi í skipanalínuna:

# Command:
ml avail

# Result Example:
------------------------------------- /hpcapps/lib-edda/modules/all/Core -------------------------------------
   BLAST/2.11.0-Linux_x86_64    GCC/11.2.0    GCC/13.2.0        GCCcore/11.3.0    Go/1.17.6            Maven/3.6.3               
   EasyBuild/4.9.1              GCC/11.3.0    GCCcore/7.4.0     GCCcore/12.2.0    Java/11.0.20         NVHPC/22.7-CUDA-11.7.0    
   FastQC/0.12.1-Java-11        GCC/12.2.0    GCCcore/8.3.0     GCCcore/12.3.0    Java/17.0.6          binutils/2.40             
   GCC/8.3.0                    GCC/12.3.0    GCCcore/11.2.0    GCCcore/13.2.0    LDC/1.24.0-x86_64    foss/2021b

Hinsvegar ef safnið birtist ekki þá getur þú hlaðið því inn með því að skrifa í skipunarlínuna:

ml use /hpcapps/lib-edda/modules/all/Core

Toolbox library | lib-tools​

toolbox safnið, eins og önnur söfn, stóla á rótar safnið, lib-edda, Þetta safn samanstendur af compilerum, "pakkastjórum" (líkt og Anaconda) og forritunar tungumálum. Til þess að hlaða lib-tools inn þá þarft að skrifa í skipunarlínuna:

# Loading the library
ml use /hpcapps/lib-tools/modules/all

#View availble software in the lib-tools library
ml avail 

---------------------- /hpcapps/lib-tools/modules/all ----------------------
   Anaconda3/2023.09-0                   Python/3.11.3
   Autotools/20220317                    R/4.3.2-gfbf-2023a
   BLIS/0.9.0                            RSTUDIO/v2023.09
   CMake/3.26.3                          SQLite/3.42.0
   FFTW/3.3.10                           UnZip/6.0

Önnur Söfn​

Eins og var nefnt í fyrrum köflum þá stóla öll söfn, í nýja hugbúnaðarsafninu, á rótarsafnið lib-edda. Farið verður í gegnum öll söfnin í hugbúnaðarsafninu í þeirra viðkomandi köflum. Kaflarnir munu fara í gegnum lýsingu á safninu, hvers konar hugbúnaður er í safninu og hvernig er hægt að hlaða safninu inn.

Lífvísindasafnið | lib-bio​

Líffræðisafnið inniheldur forrit sem eru notuð í lífvísandasviðum.

Hlaða inn Safninu

# loading the library
ml use /hpcapps/lib-bio/modules/all

# View available software 
ml avail

# Output example:
-------------------------- /hpcapps/lib-bio/modules/all --------------------------
   BLAST/2.11.0-Linux_x86_64    MUMmer/4.0.0rc1                SAMtools/1.17            
   Bowtie2/2.5.1                Nextflow/23.10.0               SAMtools/1.18       (D)    
   GATK/4.5.0.0-Java-17         PCAngsd/0.940                  SRA-Toolkit/3.0.10         
   IDR/2.0.2                    PLINK/2.00a3.7                 Sambamba/1.0.1             
   Jellyfish/2.3.0              RDP-Classifier/2.13-Java-17    SolexaQA++/v3.1.7.3

Nánari upplýsingar um Forritin sem eru tilstaðar í safninu er hægt að finna hér

Efnafræðisafnið | lib-chem​

Efnafræðisvafnið inniheldur forrit sem eru notuð í efnafræðivísindasviðum.

Hlaða inn Safninu

# loading the library
ml use /hpcapps/lib-bio/modules/all

# View available software 
ml avail

# Output example:
-------------------------------- /hpcapps/lib-chem/modules/all --------------------------------
   ASE/3.22.1    CP2K/2023.1    LAMMPS/23Jun2022-kokkos    OpenMM/8.0.0-OpenMPI-4.1.5    
   Bader/1.05    GPAW/23.9.1    ORCA/5.0.4                 QuantumESPRESSO/7.2

Nánari upplýsingar um Forritin sem eru tilstaðar í safninu er hægt að finna hér

Verkfræðisafnið | lib-engine​

Verkfræðisafnið inniheldur forrit sem eru notuð í Verkfræðivísindasviðum

Hlaða inn Safninu

# loading the library
ml use /hpcapps/lib-engine/modules/all

# View available software 
ml avail

# Output example:
-------------------------------- /hpcapps/lib-engine/modules/all --------------------------------
   OpenFOAM/10-OpenMPI-4.1.5

Nánari upplýsingar um Forritin sem eru tilstaðar í safninu er hægt að finna hér

Jarðvísindasafnið | lib-geo​

Jarðvísindasafinð inniheldur forrit sem eru notuð í jarðvísindasviðum.

Hlaða inn Safninu

# loading the library
ml use /hpcapps/lib-geo/modules/all

# View available software 
ml avail

# Output example:
-------------------------------- /hpcapps/lib-geo/modules/all --------------------------------
   CloudCompare/2.12.4           HYDROTHERM/3.2.0      ParaView/5.12.0
   GrowClust3D.jl/1.0.0-Julia    ODM/3.3.4             QGIS/3.28.1
   HEC-DSSVue/3.3.26             OrfeoToolbox/9.0.0    fall3d/8.3.0
   HEC-RAS/v61                   PISM/2.1

Nánari upplýsingar um Forritin sem eru tilstaðar í safninu er hægt að finna hér

Forrit ekki finnanleg?​

Ef þú finnur ekki forritið sem þú þarft á að halda í engum af þessum söfnum láttu okkur þá vita í gegnum help@hi.is með titilinn Hugbúnaður á Elju og við munum finna út úr því.