Metaerg

0. Inngangur

Metaerg er sjálfvirk leiðsla sem notar hugbúnað frá þriðja aðila ásamt stórum gagnagrunni til að gera athugasemdir við erfðamengi eða sett af hólfum frá örveruvistkerfum. Dæmi um slík skýringarverkefni eru eiginleikaspá með HMM, BLAST og DIAMOND.

fáðu frekari upplýsingar um Metaerg með því að lesa úr github geymslunni og eftirfarandi [grein](https://www.frontiersin.org/ articles/10.3389/fgene.2019.00999/full) í frontiersin sem var skrifað af sömu aðilum og gerðu Metaerg.

---

1. Að byrja

1.1 Uppsetning

Það eru margir möguleikar þegar kemur að uppsetningu Metaerg. Ein leiðin er að nota Docker sem var ekki notað þar sem Elja veitir ekki gámastuðning eins og er. Annar möguleiki var að nota Easybuild sem veitir ekki nýjustu útgáfuna (veitir aðeins útgáfu [1.2.3](https://docs.easybuild.io/version-specific /studd-software/#metaerg)) af Metaerg. Þriðji kosturinn sem var valinn var að setja upp Metaerg og önnur hjálparforrit þess handvirkt, byrja á því að klóna þetta git repository og fylgja uppsetningarleiðbeiningum og kröfum í README.md skránni.

1.2 Required Tools and libraries

Perl Modules

Dependencies
Archive::Extract
Bio::Perl
Bio::DB::EUtilities
DBD::SQLite
DBI
File::Copy::Recursive
HTML::Entities
LWP::Protocol::https
SWISS::Entry

Table 1. This table displays all required Perl modules that are required to run Metaerg

Dependencies	Req. version	Version on Elja
antismash	≥6.0.0	7.0.0
ARAGORN	x	1.2.41
minced	x	0.4.2
BLAST+ executeables	x	2.13.0
DIAMOND	2.0.13	2.0.13
GenomeTools	x	1.6.2
HMMER	3.x.x	3.3.2
Infernal	x	1.1.4
prodigal	x	2.6.3
pyarrow	x	12.0.0
Python	x	3.10.4
RepeatMasker	x	4.1.4
RepeatScout	x	1.0.6
signalp	x	0.5b
tmhmm	x	2.0c
Tandem Repeats Finder	x	4.09.1

Table 2. This table displays all main dependencies that are required to install MetaErg

2 Keyra Metaerg á Elja

2.1 Loading Metaerg

Áður en það er hægt að keyra Metaerg á Elju, þú þarftu að hlaða in Metaerg módulnum. Til þess að gera það þá þarftu að skrifa eftirfarandi línum í terminal:

[..]$ ml use /hpcapps/lib-mimir/modules/all
[..]$ ml load Metaerg

2.2 Running Metaerg

Til þess að keyra Metaerg þá þarft þú að skrifa metaerg með ðarametrum sem þú getur fundið hér. Dæmi á Metaerg keyrslu myndi líta eftirfarandi út:

[..] $ metaerg --contig_file dir-with contig-files --database_dir /AlphaFoldData/MetaergData/db/ 

Taktu eftir að --database_dir /AlphaFoldData/MetaergData/ er alltaf nauðsynlegt að hafa þegar það er keyrt Metaerg og er vísun á staðsetningu á gagnasafninu sem Metaerg notar.